Nỗi đau bị hãm hiếp của cô giáo Nodoka Sakuraha xoay quanh câu chuyện bạo lực học đường diễn ra tại ngôi trường nọ của Nhật Bản. Nạn nhân của câu chuyện là cô giáo Nodoka Sakuraha, cô ấy đã bị hết thầy giáo phó hiệu trưởng rồi đến nhóm học sinh lưu manh cá biệt nhất trường hiếp dâm.